Από το 2005 εγκρίθηκε από το Τμήμα αίτηση του κ. Ηρακλή Ρεράκη (τότε Επίκουρου και τώρα Αναπλ. Καθηγητή) προς το Υπουργείο Παιδείας, συνοδευόμενη από το σχετικό κανονισμό που για την ίδρυση Εργαστηρίου Παιδαγωγικής – Χριστιανικής Παιδαγωγικής. Το Εργαστήριο εγκρίθηκε από το Υπουργείο Παιδείας το 2009. Η Γενική Συνέλευση του Τμήματος με απόφασή της, όρισε Διευθυντή του Εργαστηρίου τον κ. Ηρακλή Ρεράκη.
Μεταξύ των σκοπών του Εργαστηρίου είναι:
Α. Η εξυπηρέτηση εκπαιδευτικών και ερευνητικών αναγκών στο πεδίο της αγωγής των παιδιών και των εφήβων, η ψυχοπαιδαγωγική και διδακτική κατάρτιση και Πρακτική Άσκηση των Προπτυχιακών και Μεταπτυχιακών φοιτητών του Τμήματος καθώς και άλλων Τμημάτων στα γνωστικά αντικείμενα της Παιδαγωγικής – Χριστιανικής Παιδαγωγικής και της Διδακτικής των Θεολογικών μαθημάτων με χρήση Πολυμέσων, νέων μεθόδων και Τεχνολογιών σε συνεργασία με την πρωτοβάθμια και δευτεροβάθμια εκπαίδευση.
Β. Η τεκμηρίωση, η έρευνα και η μελέτη στα πεδία των θεωρητικών Επιστημών και ιδιαίτερα των Επιστημών της Αγωγής, σε συνάρτηση με τις εφαρμογές τους σ’ όλες τις βαθμίδες της Εκπαίδευσης, καθώς επίσης και η σύλληψη και η εκτέλεση ερευνητικών προγραμμάτων αντίστοιχου περιεχομένου.
Γ. Η κάθε μορφής συνεργασία με την Εκκλησία, με Κέντρα Ερευνών, Ινστιτούτα, Εργαστήρια και με Πανεπιστημιακά Τμήματα ημεδαπής και αλλοδαπής, εφόσον συμπίπτουν, συμβαδίζουν και αλληλοσυμπληρώνονται οι επιστημονικοί τους στόχοι με εκείνους του Εργαστηρίου.
Δ. Η διοργάνωση επιστημονικών διαλέξεων, ημερίδων, σεμιναρίων, συμποσίων, συνεδρίων και άλλων επιστημονικών εκδηλώσεων με τη συμμετοχή Ελλήνων και ξένων αναγνωρισμένων επιστημόνων, καθώς και η διάδοση των ερευνητικών πορισμάτων τους μέσω δημοσιεύσεων και εκδόσεων.
Ε. Η παροχή ερευνητικών και επιστημονικών υπηρεσιών, που σχετίζονται με θέματα αγωγής, σε δημόσιους και ιδιωτικούς φορείς που εκδηλώνουν αντίστοιχο ενδιαφέρον.
Τον Μάιο του 2009, υποβλήθηκε αίτημα του Διευθυντή του Εργαστηρίου, μέσω του Τμήματος και της Κοσμητείας, προς την Πρυτανεία ζητώντας την έγκριση, την ανοικοδόμηση και τον εξοπλισμό του Εργαστηρίου. Η έγκριση έγινε δεκτή από το Πρυτανικό Συμβούλιο τον Ιούνιο του 2009 και μετά την πραγματοποίηση της ανοικοδόμησής του εντός του Φεβρουαρίου του 2010, ολοκληρώνεται εντός του Απριλίου του 2010 και ο εξοπλισμός του για να αρχίσει επίσημα η λειτουργία του από τον Μάιο του 2010.